Fen Bilimleri Enstitüsü'ne bağlı Kıyı Bilimleri ve Mühendisliği Programı disiplinlerarası bir yüksek lisans ve doktora programı olup, İstanbul Teknik Üniversitesi İnşaat Fakültesi İnşaat Mühendisliği, Geomatik ve Çevre Mühendisliği bölümleri ile Gemi İnşaatı ve Deniz bilimleri Fakültesinin öğretim üyelerinden oluşan geniş bir öğretim üyesi kadrosuna sahiptir. Programdaki derslerin %60'ı İngilizce olarak verilmekte olup, yüksek lisans ve doktora tez çalışmalarının tümüyle İngilizce olarak sunulması olanağı bulunmaktadır.

Kıyı Bilimleri ve Mühendisliği programının temel hedefi kıyının doğal yapısını bilen, kıyısal problemlere geniz bir açıdan bakarak kıyısal kaynakların korunması ve kullanılması arasındaki tercihleri ve dengeleri tanımlayabilen ve mühendisliği ve bilimi, kıyıların sürdürülebilirliği için kullanabilen mühendis ve araştırmacıları yetiştirmektir.

Kıyı Mühendisliği, kıyıların karmaşık yapısı nedeniyle ancak değişik disiplinlerden kaynaklanan bilgilerin yoğurulmasıyla oluşan;yeni ve hızla gelişmekte olan ülkemizde de büyük bir çalışma ve araştırma kapasitesine sahip bir bilim ve mühendislik dalıdır.

Kıyı Bilimleri ve Mühendisliği disiplinlerarası programı, 2002 yılında kurulmuş olmasına karşın, çok sayıda yüksek lisans ve doktora öğrencisine eğitim vermekte, öğrencilerine Avrupa'nın gelişmiş üniversiteleri ile yapmış olduğu anlaşmalarla eğitimlerinin bir kısmını yurtdışında görme ve tez çalışmalarını yürütme imkanı sunmaktadır.